보건복지부(복지부) 산하 차관급 기관인 질병관리본부(질본)를 독립된 ‘청’으로 승격하고 그 아래에 권역별 ‘질병대응센터’(가칭)가 설치된다. 질본이 독립 외청으로의 승격은 노무현정부 시절인 2004년 출범 후 16년 만이다.
복지부에는 보건 분야 차관을 신설해 복수차관을 두게 된다.
행정안전부는 3일 복지부와 질본의 조직개편 방안을 담은 ‘정부조직법’ 개정안을 입법예고 했다고 밝혔다.
이번 조직개편은 지난달 10일 문재인 대통령이 취임 3주년 특별연설을 통해 발표한 내용으로, 국가 감염병 컨트롤타워로서 전문성과 독립성을 강화하고 신종 코로나바이러스 감염증(코로나19)과 같은 상황에 효율적으로 대응함으로써 보다 안전한 대한민국을 만들어 나가겠다는 게 취지다.
개정안에 따르면 질본이 청으로 승격된다.  
청이 되면 예산·인사·조직을 독자적으로 운영하면서 감염병 관련 정책과 집행 업무를 전담 수행하게 된다. 현재 복지부의 위임을 받아 수행하는 질병 관리와 건강증진 관련 각종 조사·연구·사업 등도 고유 권한으로 추진하게 된다.
다만 감염병이 전국적으로 확산돼 범정부 역량 결집이 필요한 위기 상황에서는 복지부와 질병관리청이 함께 대응하는 현 체제는 유지된다. 반면 질본의 장기·조직·혈액 관리 기능의 경우 보건의료자원 관리 및 보건사업과의 연계성을 고려해 복지부로 이관한다.