포항시가 1994년 (주)S에 온천지구 지정을 승인해 줘 지난 8월 온천개발계획을 득하려하자, 반려하는 등 또다른 개인에게 특혜를 주고 있다는 주장이 제기됐다. 1993년 당시 온천 최초발견자 A씨와 함께 법인을 설립한 K씨는 포항과 영일이 합병되기 전 영일군수으로부터 (주)S가 온천 지구지정을 고시 받았다. 이어 1995년 2월 포항시는 북구 신광면 반곡리 일원 935,600㎡ 면적을 신광 온천지구로 지정해 문화유적 지표조사와 하수처리장의 충분한 설치할 것을 주문하고 개발계획승인시 환경영향평가 협의를 득할 것을 (주)S에 공문 발송했다. 즉, 포항시에서도 신광 온천지구 지정과 동시에 개발계획이 (주)S에 있음을 허가한 부분이다.  이후 A씨는 이중계약 등으로 B씨에게 최초발견자를 양도했지만, 지난 1997년 이중계약을 시인하며 B씨가 약속을 어겼다고 주장했다. 이는  2004년 A씨가 B씨에게 보낸 내용증명에 나타나 있으며, B씨로부터 억대의 금전을 받는 대가로 목욕탕과 최초발견자를 양도하기로 했다는 내용이다.          하지만 이미 (주)S에 최초발견자로 고시지정 돼 개인적인 양도가 어렵다는 검찰의 판단도 있지만 공소시효가 지나 위조된 문서 등에 대해서만 B씨에게 죄를 물을 수밖에 없다는 것. B씨는 2002년 6월7일부터 2007년 6월7일까지 5년간 목욕탕을 만들고 온천이용허가를 받아 지금까지 연장해 운영하고 있으며, 개인사업자 명칭을 법인과 ‘포항’이라는 명칭을 넣고는 동일하게 사용하고 있다. 하지만 시는 온천 지정지구을 (주)S에 승인해 주고 B에게도 승인한 것처럼 온천계약계발 승인신청을 받아주어 편파적 논란이 일고 있으며, 당시 B씨의 목욕탕 등에 대해 온천법에 따라 온천전문기관에 의뢰해 영향심사를 선행해야 하지만 이 또한 전혀 이뤄지지 않았다는 것이 K씨의 주장이다.  K씨는 또 “법인 소유의 하천에 소재한 온천공을 B씨가 근거서류 하나 없이 멋대로 특정인 소유로 단정해 온천 이용허가가 나가 전에 폐공시켰으나 포항시는 아무런 문책을 하지 않았다”며 “관련 공무원도 서류를 반려 할 테니 소송을 하라는 등 방만한 태도로 일관하고 있다”고 강조했다.    논란이 되자, 포항시는 뒤늦게 두 업체의 우선권자를 고문변호사 5명에게 의견을 듣고 결정하겠다는 입장이지만, 일체서류가 변호사들에게 모두 전해지지 않고 편파적으로 보내졌다는 의혹도 일고 있다. 온천개발계획 승인(변경승인) 신청서를 제출한 B씨는 “시의 판단에 따를 것이고, 기다리고 있을뿐이지 전화상 할 말이 아닌 것 같다"고 잘라 말했다.